TBA loodus
Reljeef, geoloogia, mullastik
Tallinna Botaanikaaia pinnamoodi on kõige enam kujundanud Läänemere Litoriina staadium 5000 a. tagasi, hiljem aga Pirita jõgi. Nii ongi botaanikaaia silmapaistvamad pinnavormid vanad mereluited ja jõeoru astangud ning Pirita jõe külgorud. Kõige kõrgemal astangul erikaariumis küünib maapinna absoluutne kõrgus 24 meetrini. Kõrgematel luitestunud pinnavormidel valdavad leetunud mullad, vanades sootides aga glei, turvastunud või turvasmullad, idaosas esineb lohus siirdesoomuldi, jõe kallastel lisaks gleistunud ja gleimuldadele ka lammimuldi. Enamik muldi on nõrgalt happelised. Tähelepanu väärib sooraua lade botaanikaaia taimekollektsioonidest idas soostunud ala servas, kus kohati on sooraua kihi tüsedus kuni 0.7 m.
Kollektsioonide alal valitsevad inimese poolt kujundatud antropogeensed mullad.
Vetevõrk
Tallinna Botaanikaaia alal asub mitu Pirita jõe vana jõesooti ning külgharu. Pirita jõe kallastel võib näha ajutistest liigvetest ja jõkke avanevate allikate poolt tekitatud uhteorge.
Kollektsioonide alale on rajatud nõgude süvendamise ja kraavide paisutamise tulemusel 9 tiiki.
Kliima
Tallinna Botaanikaaia kliimat iseloomustavad järgmised näitajad: aasta keskmine õhutemperatuur 4,7°C; madalaim õhutemperatuur -34,4°C; kõrgeim õhutemperatuur 32,3°C; keskmine sademete hulk aastas 559 mm. Lumikatte tüsedus ja püsiva lumikatte kestus on aastati väga erinev.
Reljeefist ja veekogudest tingituna on botaanikaaia mikrokliima erinevates osades varieeruv. Kõige varem sulab kevaditi maa Pirita jõe astangute lõunasse eksponeeritud nõlvadel. Need nõlvad on sobivad mitmete pikema kasvuperioodiga taimede kasvatamiseks. Kõige kauem püsib hiliskülmaoht Pirita jõe alumise astangu lohkudes. Enim on saanud hiliskülmadest kannatada vara puhkevad Ida-Aasiast pärit taimed.
Looduslikud taimekooslused
Taimekollektsioonid hõlmavad botaanikaaia 123 hektarist umbes 26 hektarit. Ülejäänud ala katavad looduslikud ja poollooduslikud taimekooslused. Üsna looduslähedases olekus on Pirita jõe kallastel kasvavad hall-lepikud ja siirdesoo- ning pohla kasvukohatüübi männikud. Harva esineva kooslusena kasvab botaanikaaia põhjapoolses osas tamme-männi segamets.
Enamik rohumaid on regulaarselt niidetavad. Umbes 1 ha suurusel alal toimub katse taastada puisniit. Kõige liigirikkamad kooslused on pärisaruniidud. Botaanikaaia flooras on 484 liiki pärismaiseid (indigeenseid) soontaimi, nende seas ka 14 liiki Eestis kaitstavaid taimi. Lisaks pärismaistele kasvab väljaspool kollektsioone veel vähemalt 143 nimetust võõramaiseid või inimese poolt teistest Eesti osadest sisse toodud taimi.
Tallinna Botaanikaaias väljaspool kollektsioone kasvavad soontaimed . pdf
NATURA 2000 elupaigad
Tallinna Botaanikaaed asub üleeuroopalise kaitstavate alade võrgustiku NATURA 2000 Pirita loodusalal. Pirita jõe vasakkaldale jäävad lubjavaesel mullal esinevad liigirikkad niidud, niiskuslembeste kõrgrohustud ja piiratud alal lamminiidud.
Botaanikaaeda läbib Pirita jõe hoiuala, mille kaitse-eesmärk on EÜ nõukogu direktiivi 92/43/EMÜ II lisas nimetatud liikide – hariliku hingi (Cobitis taenia), hariliku võldase (Cottus gobio), jõesilmu (Lampetra fluviatilis) ja lõhe (Salmo salar) elupaikade ning I lisas nimetatud elupaigatüübi – jõgede ja ojade (3260) kaitse.
Pirita jõe maastikukaitseala
Pirita jõeoru maastikukaitseala asub Tallinna linnas ja Jõelähtme vallas. Kaitse all 1957. aastast. Kaitseala eesmärgiks on Pirita jõeoru, sealsete terrasside, paljandite ja taimekoosluste kaitse ning tutvustamine. Ala omab ka olulist puhkemajanduslikku tähtsust. Kaitseala ilmestavad luited ning Pirita jõe ürgoru terrassid, millel kasvavad 150-200 aastased männikud, jõe kaldaile jäävad liigirikkad lehtpuupuistud. Alal kasvab mitmeid kaitstavaid taimi nagu näiteks roosa merikann, aas-karukell, roomav öövilge, laialehine neiuvaip. Kaitseala pindala on 553 ha.